Les poissons sont inspectés minutieusement à la recherche de parasites externes (ectoparasites des branchies, de la cavité buccale ou du tégument) puis disséqués à la recherche de parasites internes (endoparasites). Cette dissection a lieu à bord ou dans les différents laboratoires partenaires (Ifremer Nantes, ANSES Boulogne s/mer, PFI Nouvelles Vagues).

Les manipulations suivantes sont réalisées selon un protocole standardisé:

• Identifier l'espèce de poisson
• Peser, mesurer le poisson
• Isoler et numérer les parasites en notant l'organe d'origine
• Préserver les parasites (éthanol 70%, détection moléculaire des Anisakidés et autres helminthes)
• Préserver le contenu intestinal dans du potassium dichromate aqueux (K₂Cr₂O₇) à 2,5% (préserve la viabilité des oocystes de Cryptosporidium spp.)
• Effectuer un grattage de la muqueuse intestinale et stomacale en RCL2 (détection moléculaire de Cryptosporidium spp.)
• Prélever un morceau de muqueuse intestinale et stomacale en formol 10% tamponné pour études histologiques ultérieures
• Stocker les filets à -20°C dans l'attente de la digestion pepsique (isolement des larves d'Anisakidés résistantes à la digestion)

La collecte des poissons marins a été réalisée selon un plan d’échantillonnage établi par l'un des partenaires (ANSES Maisons-Alfort) et grâce à la participation des différents partenaires aux campagnes de recherche scientifique en mer d’Ifremer, auprès de scientifiques embarqués, et grâce à l’achat de poissons auprès des pêcheurs et mareyeurs à terre. Au total, 9 membres du réseau Fish-Parasites ont embarqué sur 7 campagnes Ifremer pour un total de 115 jours passés en mer et 817 poissons échantillonnés. Pour compléter ces collectes en mer, des échantillonnages ont été réalisés auprès de mareyeurs, pêcheurs et pisciculteurs, pour un total de 969 poissons marins. Au total, 1786 poissons d’origine marine ont été échantillonnés par le réseau Fish-Parasites sur une période d’environ 30 mois.

De plus, 138 poissons d'eau douce (dont 62 du lac Léman, 51 du lac du Bourget et 25 du lac d'Annecy) ainsi que 1026 filets de perches (dont 950 du lac Léman et 76 du lac d'Annecy) ont été examinés pour la présence de parasites du genre Diphyllobothrium (encore appelé le ténia du poisson).

Les industriels de la filière pêche contrôlent les filets de poisson pour la présence de larves d'Anisakidés en utilisant la table de mirage. Ce système de trans-illumination du filet est très fastidieux à utiliser et est fatigant pour l'oeil de l'opérateur. Dans le cadre de l'action Fish-Parasites, les partenaires (PFI Nouvelles Vagues, LASMEA CNRS Clermont-Ferrand et ARBOR Technologies Landévant) ont pour but de développer un prototype permettant de détecter ces larves plus systématiquement grâce à un système de vision intelligente.